Flávio Bolsonaro foi criticado por sua ligação com o crime organizado, sendo acusado de participar de esquemas de corrupção envolvendo a milícia. A milícia foi acusada de extorquir moradores, além de ter negociado emendas com um miliciano condenado no caso Marielle Franco. A defesa de Flávio Bolsonaro sobre a milícia foi considerada questionável, gerando críticas à sua postura.

