Flávio Bolsonaro encontra-se sob investigação da Polícia Federal por diversos esquemas envolvendo lavagem de dinheiro, desvio de recursos públicos, organização criminosa e ligações suspeitas com lobistas. As investigações detalham o pedido de propina de 134 milhões de reais para Daniel Borcaro, além de seu envolvimento com o advogado Willer Tomás. Adicionalmente, a investigação descobriu o uso de uma conta offshore na Ilha da Madeira, controlada pelo Willer Tomás, e a emissão de notas fiscais sem descrição de serviços prestados pelo escritório de advocacia do Flávio Bolsonaro, levantando suspeitas de movimentação de recursos ilícitos. A mansão do Flávio em Brasília, financiada pelo Banco do Brasil, também é objeto de investigação.

