Houve uma substituição de urnas em várias cidades de São Paulo, incluindo a capital, Tucuruvi, Jabaquara e Ibitinga. No total, foram trocadas 52 urnas na capital e 15 no interior do estado. A substituição foi motivada por questões relacionadas ao segundo turno das eleições. O Tribunal Superior Eleitoral (TSE) registrou um total de 114.000 urnas a serem substituídas. Além disso, foram identificados problemas estruturais em um colégio eleitoral no bairro Jabaquara, zona sul de São Paulo, que resultaram na interdição do local e transferência dos eleitores para o SEI Indre. Houve orientação da justiça eleitoral para que os eleitores se dirigissem a locais distantes um do outro.

