O Tribunal de Contas da União (TCU) avaliou a transparência das entidades do Sistema S (educação, capacitação profissional, saúde e cultura). Apesar disso, algumas ainda não publicam dados de licitações, patrocínios e contas em formatos que permitam fazer consultas e análises automáticas. A fiscalização também aponta que faltam critérios objetivos para identificar problemas de eficiência em unidades regionais do SENAC. Em 2024, as entidades tiveram mais de 55 bilhões de reais em receitas. O Tribunal determinou que as instituições apresentem planos de ação para corrigir as falhas de transparência.

